Всё разобрался. Файл mpr действительно передаёт информацию о базовой стороне и об ориентации детали. Теперь при загрузке файлов mpr в окне программы управления сверлильно-присадочным станком с ЧПУ KDT ориентация такая, как надо.
В TopSolidWood в окне "Характеристики детали" Базовая поверхность детали должна быть внизу.
И получается, что система координат в данном окне будет такой, как на рисунке:
В окне программы управления сверлильно-присадочным станком с ЧПУ KDT 612 деталь развернулась базой к упорам станка
Меня ввела в заблуждение надпись ниже "Размещение детали на станке (вид сверху)". Поэтому я решил, что в этом окне задается ориентация детали подобно виду на чертеже — как на превью так и на чертеже.