Поделюсь своим опытом
В одной организации пришлось налаживать учет, не знаю, насколько правильный был выбран путь, но работают уже лет десять и пока (тьфу-тьфу-тьфу, чтобы не сглазить) жалоб не поступало... В 1С есть возможность вести учет по нескольким фирмам. В баз были заведены все используемые ИП и ООО (там всего порядка 10 субъектов с разными системами налогообложения) и еще одна "Пустая" организация, по которой проходили остальные операции... Ничего особо дорабатывать не приходилось (мелкие настройки печатных форм не в счет).